入嗣與即位
趙昚於1127年生於秀州,即今浙江嘉興,原名趙伯琮。他的家族是皇室的遠支,為太祖的七世孫。1129年,宋高宗的獨子夭折,朝臣力勸無嗣的皇帝從太祖一系中擇立繼承人,1132年,年幼的他被接入宮中撫養。隨着地位提升,他陸續改名,1162年被立為太子時,名為趙昚。
同年稍後,高宗讓位於他。退位的高宗直至1187年去世,仍保有相當大的影響力,而孝宗始終對他恭敬有加。他的廟號孝宗,意即「孝順的祖宗」。
為岳飛平反
孝宗即位後最先採取的舉措之一,是恢復岳飛的名譽。岳飛是高宗在位期間,於1142年被處死的名將。孝宗恢復了岳飛的官爵,並將他以禮改葬於臨安(今杭州)西湖畔;1179年追諡武穆。孝宗又將已故宰相秦檜的餘黨逐出朝廷。
與金國的戰與和
孝宗希望收復1127年被女真金國奪去的北方領土。1163年,即位不久,他發動北伐。宋軍初時取得一些勝利,但將領李顯忠與邵宏淵互相猜忌,宋軍在安徽北部的符離潰敗,戰事就此告終。
其後雙方議和。依據1165年達成的隆興和議,宋帝不再向金稱臣,兩國君主改以叔侄相稱,條件不再像從前那樣屈辱,歲幣也減為白銀20萬兩、絹20萬匹。這次和平維持到他在位結束。
乾道與淳熙年間的施政
後世的中國史家回顧乾道與淳熙年間,視之為南宋政治最清明的時期。孝宗致力於振興農業與經濟,同時整頓並訓練軍隊,據說他還親自習射騎馬。他十分關注朝廷發行的紙幣會子,據記載,他曾說為了會子之事憂慮,令他將近十年未能安睡。
他在位時期也是文學的盛世。詩人陸游、楊萬里、范成大和辛棄疾都活躍於當時,哲學家朱熹則在這時發展他的理學學說,此學說後來成為科舉考試的正統。
退位
1187年高宗去世,孝宗哀痛至深。他退出朝政守喪,把大部分日常政務交給兒子趙惇處理,趙惇自1171年起已是太子。1189年,孝宗讓位於趙惇,兒子即位為宋光宗。孝宗則自己接受太上皇的尊號。